Obwohl gemäß § 233a Abs. 4 AO die Festsetzung von Zinsen mit der Steuerfestsetzung verbunden werden soll, bleiben Zinsfestsetzung und Steuerfestsetzung eigenständige Bescheide1.

Die Frist (§ 355 Abs. 1 Satz 1 AO) für den gesonderten Einspruch gegen die Zinsfestsetzung läuft daher zum gleichen Zeitpunkt wie die Einspruchsfrist gegen die im gleichen Bescheid enthaltene Steuerfestsetzung ab.
Allerdings teilen Zinsen als steuerliche Nebenleistung grundsätzlich das Schicksal der ihnen zugrunde liegenden Hauptforderung2. Aus diesem Grund ist gemäß § 233a Abs. 5 AO die bisherige Zinsfestsetzung zu ändern, wenn die Steuerfestsetzung aufgehoben, geändert oder nach § 129 AO berichtigt wird.
Ohne Belang ist, auf welcher Rechtsgrundlage die Aufhebung, Änderung oder Berichtigung beruht.
Erfasst sind deshalb auch Änderungen und Aufhebungen im Rechtsbehelfsverfahren und im finanzgerichtlichen Verfahren, soweit das Gericht in der Sache selbst entscheidet3. Das Finanzgericht muss deshalb entsprechend der Herabsetzung der Umsatzsteuer auch die Zinsfestsetzung ändern.
Bundesfinanzhof, Urteil vom 16. November 2016 – V R 1/16